【科技】南京地理所 首次完成湖泊超微真核藻全基因组测序

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超细浮游藻类(粒径&le； 3&mu； m )简称超细藻，广泛分布于海洋和淡水生态系统，在水生生态系统，特别是微食物环中具有重要意义。 这些具有更高的co2固定效率，水体对一次生产力的贡献量达到90%，而且其潜在的混合营养代谢功能对浮游细菌的种群有控制作用。 mychonastes homosphaera是长江中下游富营养化湖(巢湖、鄱阳湖)常见的特征超微真核藻，对富营养化湖的适应和进化机制尚未阐明。

最近，中国科学院南京地理和湖研究所史小丽团队基于流式细胞技术和刻划分离法获得了mychonastes homosphaera藻株，从典型的富营养化湖巢湖中分离的超微真核藻mychonastes homosphaers

在该研究中，利用pacbio三代测序技术对mychonastes homosphaera的所有基因组进行测序，得到5.8 gb的比较有效的序列，contig n50组装了2 mb的24.23 mb基因组序列。 基因组注释显示，20.13%的序列是重复序列，蛋白编码基因6649个。 基因组相关代谢途径的构建结果表明，mychonastes homosphaera不仅具有高效的营养和光能利用机制，而且具有特有的低温适应机制，揭示了巢湖冬季特征的机制。 研究者通过基因组学比较，分析了mychonastes homosphaera和其他藻类基因组中油脂合成代谢通路基因的组成和拷贝数，说明了mychonastes homosphaera高油脂含量的原因，广泛的碳源选择、有效 在mychonastes homosphaera的这项研究中，mychonastes homosphaera基因家族的基因间隔和内含子数量的减少表明了藻类进化过程中的genome streamlining现象。

该研究为藻类基因组学的研究提供了丰富的数据资源，有助于藻类的适应和进化机制的研究，进一步阐述了超微藻类在湖泊系统中的生态作用。

相关成果以genomeanalysesprovideinsightsintotheevolutionandadaptationoftheeukaryoticpicophytoplanktonmychonasteshomosphaera为主题 研究事业得到了国家自然科学基金项目的资助。 基因组新闻存储在ncbi数据库( bioproject number:prjna556117 )中。